Alors que le Secrétariat général de la défense et de la sécurité nationale (SGDSN) a longtemps été la chasse gardée des généraux d'armée, avant de revenir plus souvent depuis le milieu des années 90 à des conseillers d'Etat, Stéphane Bouillon est seulement le second préfet à prendre la tête de cet organe rattaché à Matignon. Le haut fonctionnaire doit gérer l'organisation des conseils de défense présidés par Emmanuel Macron sur le Covid-19.
Dans son bureau du boulevard de La Tour-Maubourg (Paris 7
